Плохо понятен вопрос.
Если вы имеете ввиду будет ли держаться шпаклёвка на статично закреплённом фрагменте неламинированного МДФ, то однозначно ДА. Если вы спрашиваете можно ли прошпаклевать МДФ стенку, допустим, гипсовой шпаклевкой, то ни в коем случае. В отличие от гипсокартона или того же ДСП толщина МДФ незначительна. В следствии чего на металлическом каркасе такая стенка "играет" и не образует сплошной, статичный, прокленный щит (заметьте, стыки между ГКЛ листами именно проклеиваются), а значит под действием вибрации слой шпаклёвки обязательно даст трещины и в конце-концов разрушится.
Демонтируйте панели. Изготовьте рабочую плоскость и только потом приступайте к шпаклёвке.