Вариантов очень много и многие из них прорабатываются ещё до строительства курятника.
Как известно крысам и остальным хищникам (например, лисам) тяжелей преодолеть кирпичные стены чем дерево, лучше хотя бы на пол метра от земли поднять стены из кирпича.
Если всё же курятник деревянный, то оббить низ стен листовым металлом, причём по периметру курятника выкопать углубление что бы листовой металл был ниже стен курятника.
Внутри курятника можно сделать бетонную стяжку, под стяжкой металлическая с мелкой ячейкой (важнейший момент) сетка, а сверху стяжки уже можно опилки, землю и так далее.
Можно вдоль стен по периметру присыпать щебень с битым стеклом.
Очень не плохой вариант завести кошку-крысоловку, это всё сказки что с крыс кошка может переключиться на кур, это крайне редкая ситуация, да и то виноват человек забывающий кормить кошку.
Там где кошка крыс не будет, они её боятся инстинктивно.
Кошка живущая с курицами вполне обыденная картина.
Некоторые породы собак тоже ловят крыс, но кошка лучше.
Можно купить ультразвуковой отпугиватель крыс,
остальным домашним животным и птице, он вред не несёт.
Есть и более не гуманные способы, различные крысоловки и.т.д.
Сработать может комплекс предпринятых мер.