Думаю тут лучше сразу чётко определиться с мелочами.
Ондулин это тоже шифер,
но "евро".
Если Вы под крашеным шифером имели в виду волновой асбестоцементный шифер и его покраску самостоятельно, это одно.
Если речь о крашенном асбестоцементом шифере в виде готового изделия (несколько заводов в России выпускают окрашенный асбестоцементный шифер) это уже другое.
Тут всё понятно, окраска шифера в заводских условиях, это качество в разы бОльшее чем окраска своими руками.


Что бы ответить с пользой необходимо знать о какой кровли идёт речь.
Ондулин плохо выдерживает снеговые нагрузки и если скат (угол уклона) кровли не большой, то однозначно крашеный в заводских условиях асбестоцементный шифер лучше.
По цене асбестоцементный крашенный шифер дешевле ондулина (ондулин импортный материал, крашеный шифер отечественный, разница по цене 100-о рублей в + к ондулину, это в среднем за лист).
Ондулин горючий материал, ибо битум.
Асбестоцементный шифер не горит.
Гарантийный срок службы ондулина 15-ь лет.
Асбестоцементного шифера от 30-и (это серого, а крашеный служит на 10-ь лет дольше и это минимум).
Ондулин в жару становится мягким, ходить по такой кровле не рекомендуется.
Зимой ондулин становится хрупким почистить крышу от снега проблематично.
На солнце ондулин выгорает и лет через 5-ь кровля перестанет радовать глаз.
Разнообразие цветов у асбестоцементного крашеного шифера, больше.
Плюс ондулина его проще монтировать (это если знать технологию, при нарушении технологии могут возникнуть проблемы), он легче крашеного шифера.
Вывод:
Крашеный асбестоцементный шифер
в заводских условиях выигрывает практически по всем параметрам у ондулина.