

Честно говоря не до конца понятно почему это проблема (предположу что отверстия большого диаметра Вы сверлите коронками, и не знаете что отверстия можно высверлить и не обязательно это должен быть круг, может быть и эллипс и любая другая геометрическая фигура), фанера прекрасный, в обработки, материал.
Вот эллипс,
без всяких проблем такой рез можно сделать электро-лобзиком.
Если нет электро-лобзика, то можно высверлить.
Вот этапы:
Разметка на фанере (очерчиваем тот самый эллипс).
Можно эллипс в эллипсе на диаметр сверла, если переживаете.
Высверливаем (советую перьевое сверло по дереву, фанера не толстый материал, отверстия не глубокие).
Высверлили по разметки, соединили отверстия и торцы реза обработали, к примеру напильником.
Я как-то даже пилкой по металлу (без пилы, одним полотном), вырезал фигуры на фанере сложней простенького эллипса (и тоже под трубы, они были сдвоенными).
Тут нужно пару отверстий, затем убрать перегородки между отверстиями, далее не спеша работаем пилой (можно одним полотном), ведь нет необходимости сразу вырезать весь эллипс, прошли часть полукруга, удалили лишнюю фанеру и следующая часть.
Всё получится, описать даже сложней, настолько это не сложно.