Когда кладут шифер на крышу, то,обычно, прибивают его к ногам стропильной системы гвоздями, под шляпки которых подкладывают круглые (обтекаемые) шайбы....
Как правило, гвозди не фиксируются намертво.
Это связано с тем, что шифер имеет тепловое расширение и, если зафиксировать гвоздь, то велика вероятность того, что гвоздь останется на своём (фиксированном) месте, а шифер - лопнет (даст трещину).
Под воздействием влажности и сезонных перепадов температур,гвозди ржавеют и ржавчина в ногах стропильной системы расширяет отверстие, в которое раньше плотно был вбит гвоздь....
Гвозди , со временем, вылезают всё больше наружу, а, так как их вбить обратно некому, то, с каждым годом они вылезают всё больше (иногда до трёх сантиметров).
Других причин нет.
Это особенность шиферного покрытия кровли.
С этим надо, просто, смириться.
Если кончики гвоздей загнуть и зафиксировать, то треснет весь шифер.
Есть хозяева, которые предпочитают грунтовать листы шифера под цвет черепицы (красно-коричневый).
Это приводит к ещё худшему эффекту, т.к. шифер нагревается ещё сильнее.