Можно всё если уж так необходимо. Но чугун очень хорошо сверлится, даже ручной дрелью. Ели у вас нет под рукой дрели и свёрл, а есть только электросварка и напильник, ну что же тогда берите электрод потоньше если нужны небольшие отверстия, ставьте ток (ампераж) побольше и вперёд жгите отверстия.
Кстати по окружности их можно прожечь достаточно аккуратно, а вот бортики было бы проще подчистить болгаркой или шлифовочной машинкой, а не напильником, так как сплавленный металл на бортиках будет достаточно крепким.
Но всё в принципе достижимо.
Я же всё таки посоветую, не торопиться со сваркой и напильником, а взять дрель свёрлышки и сделать всё быстрее и аккуратнее, я думаю даже если у вас нет дрели, то её можно занять на время у товарища или соседа, ну а свёрла не так дорого стоят, чтоб мучатся напильником, обрабатывая отверстия после того как прожжёте электросваркой.