Почему произошло неравномерное покрытие вагонки маслом?

Причина - неравномерное содержание смолы.

При подготовке производится визуальная оценка степени засмоленности, и делается осреднение засмоленности и, при необходимости, обессмоливание. Осреднение производится путём розлива уайт-спирита или скипидара на обрабатываемую поверхность установленную горизонтально. количество растворителя - обильное. Его не втирают, не вытирают, не промокают. Он просто стоит некоторое время, впитывается и постепенно высыхает. Растворяя в себе смолу, он перераспределяет её концентрацию: из сильной локальной засмоленности получается более объёмная, но менее сильная.

Обессмоливание под прозрачную отделку не предусматривает использование щелочных средств. Лучше всего использовать смесь ацетона и этилового спирта.

И даже, если поверхность не требует конкретного обессмоливания, то уж точно перед нанесением ЛКМ поверхность необходимо тщательно протереть растворителем 646.

Под тонированные составы я стараюсь грунтовать, во избежании неравномерного тонирования.

На доски же, которые были более светлыми легло как на фото. И по закону подлости они на самых видных местах...

Дело в том, что светлые участки древесины говорят о том, что в них нет смол, а тёмные - наоборот от того и тёмные, что смол в них много.

Там, где смол нет, масло впитывается и его не хватает, а там, где тёмные - смолы препятствуют насыщению маслом.

Следовательно, чтобы добиться более или менее сглаживания контрастных переходов, пропитку надо делать несколько раз, но структура дерева(его рисунок) всё равно останется.

Если хотите, чтобы её не было видно, покрывайте цветным воском. Дорого, но, что поделаешь...