Конечно правомочны ведь вы заключили договор с генеральным подрядчиком.
Генеральный подрядчик тратит деньги заказчика и отчитывается за них, соответственно он обязан требовать полного и подробного отчёта за деньги у субподрядчиков которыми являетесь вы.
Если вы указали в смете, что потрачены средства или материалы для выполнения скрытых работ - то обязаны предоставить по требованию - акт освидетельствования скрытых работ об этом нужно было позаботиться заранее, либо провести комиссию и обследование сейчас, с представителями генерального подрядчика.
Если вы этого не сделали или не сделаете, то генеральный подрядчик имеет право срезать вам бюджет и вы получается выполнили эту работу за свой счёт.
Если вас это не пугает, то можете просто объясниться с генеральным подрядчиком и вам заплатят только за фактическую работу.
Я работал на буровой, так вот однажды нам не хотели платить полную смету, из-за того что были не согласны с заявленными объемами по рекультивации прилегающей территории, хотя изначально в договоре было прописано, за счёт заказчика.
Заказчику не понравилась сумма и он решил схитрить, у нас было все зафиксировано документально, на каждый этап производимых работ приглашали представителя, который кстати не всегда приезжал и мы отсылали документы курьером с фото и видеофиксацией объема работ.
Поэтому правда была на нашей стороне, деньги нам заплатили, но на следующем объекте рекультивация была исключена из сметы, заказчик пожелал её делать самостоятельно.
Точно так и в вашем случае, нужно всё фиксировать если у вас есть желание получить за это деньги, а если не было это сделано, то создать комиссию и провести обследование сейчас, требования генерального подрядчика правомерны, а вы будьте в следующий раз расчетливее!