В первую очередь, главная отличительная черта, это разные сферы применения.
То есть материал под общим названием "Жидкие гвозди", это клей,
а силиконовый герметик
(видимо Вы об это спрашиваете, а не просто о силиконе), это материал для герметизации чего-либо, то есть щели, стыки и так далее.
Задача силикона на пропустить, воздух, воду и так далее, а задача "жидких гвоздей" надёжно зафиксировать между собой что либо, то есть приклеить.
Силикон, после застывания превращается в что-то напоминающее резину, то есть он эластичен, "жидкие гвозди", после высыхания не имеют такой эластичности.
Честно говоря тут и сравнивать вообще не чего, это как спросить "чем отличается силикон от цемента?", да абсолютно всем, диаметрально противоположные материалы.
Есть конечно и силиконовый клей, но по своим качествам именно клеевым, он заметно уступает "жидким гвоздям". К примеру можно класть кафель на силиконовый герметик, можно и на "жидкие гвозди", но сцепление с поверхностью в случае с "гвоздями" будет гораздо надёжней.
И герметики и клей "жидкие гвозди" изготавливаются с применением различных компонентов, в зависимости от среды использования, от материалов подбираются и "жидкие гвозди" и силиконовые герметики, но области применения у них остаются разными.