Не строганый брус - это брус, который только распилили. Взяли дерево, распустили на доску, а доску на бруски. Такой брус шершавый.
Строганный брус - это брус, который строгали на станке. Он гладкий и ровный.
Не строганный будет больше впитывать пропитки (если она требуется) против гниения и разной живности.
Строить перегородки можно, ведь по свойствам дерево остается деревом. Так как брус будет внутри перегородки, то рекомендую пропитать его специальным составом, что бы не портился раньше времени.