Если речь идёт именно о капитальном ремонте дома, то стояки водоснабжения меняет компания которая проводит этот самый капитальный ремонт.
При капитальном ремонте меняется абсолютно всё, и разводка по воде и электро-проводка.
Есть ещё плановый ремонт, он отличается от капитального, при плановом не меняются ни стояки водопровода ни канализация.
Так что можете быть спокойны, Вы уже за всё заплатили, больше можно не платить, ну разве что будут особые пожелания, в виде утапливания труб в стену и тому подобное, вот за это придётся доплачивать.