Заделать дыру в потолке не проблема. Вопрос в другом, что планируется делать в дальнейшем с потолком? Если трубы будут закрывать гипсокартоном, под кафель, или шпаклёвку, то достаточно дыру залить пеной.
Пена сделает главное, она забьёт все пустоты, пену можно, даже лучше, заливать как сверху, от соседей, так и у себя.
Пену, после того как она высохнет, можно подрезать "заподлицо" с потолком. Если же планируется обычная шпаклёвка потолка, то на пене шпаклёвка держится плохо. В этом случае, дыру, лучше заделать раствором. Делается это так: Обычно разводят алебастр, или добавляют его в шпаклёвку, берут куски выпавшие, при монтаже трубы и забивают этим отверстие, куски гипса, или кирпича, не должны выступать за поверхность потолка. После этого потолок, в районе дырки шпаклюется, в начале первичной шпаклёвкой, затем финишной.
А вообще дыру надо видеть, только так можно дать дельный совет. Бывает что без штукатурной сетки не обойтись, бывали случаи, в моей практики, когда приходилось ставить перегородки с арматуры.
Полностью всё межэтажное перекрытие, заливать раствором не нужно.
Если же речь идёт о канализационной трубе, то дыра заделывается так же, но чаще отдают предпочтение пене.