Наличие щелей возможно и на новых окнах. Заделав их силиконом, получите проблему другую, правда, уже эстетического плана. Пыль, попадая на селикон, остается там навсегда. Шов становится грязно-серым. Вытереть эту грязь невозможно.
Я, когда-то, для заделки щели использовала акриловый утеплитель. Держится он там хорошо, но приблизительно месяцев через 6 шов пожелтел. Поэтому, лучший вариант - жидкий пластик. Во первых, цвет не меняется, а во вторых, создается впечатление однородного материала.