У них обоих есть как плюсы, так и минусы. Выбирать Вам.
Водяной тёплый пол. Подключается от общей системы отопления, что сказывается отрицательно на давлении. В многоквартирном доме требуется много разрешительных документов. Если прорвёт, мало не покажется. Зальет квартиры снизу, придется всё менять. Сложен в установке.
Электрический тёплый пол. Расходы на электроэнергию. Разрешений не требуется. Важно правильно установить, чтобы везде всё было изолировано. Есть опасность замыкания при неправильной установке. Из плюсов, можно отключать.
Муж решил ни один из них не устанавливать. Водяной не разрешили, электрический много жрёт.