Думаю, что ничего страшного не произойдёт, если межкомнатные перегородки сделать из бревна меньшего диаметра, чем у самого дома. Это повлияет скорее всего только на эстетическое восприятие внутри помещения и ни на что больше. Если монтаж перегородки выполнен качественно и грамотно, то беспокоиться за её прочность не стоит, ведь по большому счёту она сделана из того же бревна, а уж этот материал выдерживает довольно таки сильные нагрузки. Так что стройте на здоровье перегородки из того, что есть и ничего не бойтесь.