Вагонку следует красить перед набиванием. Если сделать панели, после тонировать и вскрыть лаком, то со временем (по мере усыхания древесины) будут проступать непрокрашенные полосы. Подготовка вагонки к покраске заключается в шлифовке. Дефекты предварительно шпаклются, после высыхания тщательно шлифуются. Проследите, чтобы на поверхности не оставалось лишней шпаклёвки, она плохо прокрашивается. По поводу разницы в качестве окраски готовых панелей и вагонки ответил выше.