Почему на чердаке в деревянном доме балки крыши плесневеют, хотя проложена пароизоляция?

Причин появления плесени на балках, довольно много, причём одна большая причина тянет за собой множество мелких.

Основное это отсутствие нормальной вентиляции чердака.

Продухи делаются (обустраиваются) не только в фундаменте, но и на чердаке.

Систем вентиляции чердачных помещений множество.

Если в качестве паро-изоляции использовался пергамин, это битумно-содержащий материал, то из-за отсутствия движения воздуха в чердачном помещении, особенно в летний период, он нагревается и что называется "плывёт", теряя свои свойства паро-изоляции.

То есть он уже не выполняет свои функции и на балках о которых Вы пишите образуется конденсат, там где постоянная влага, там и плесень.

И вторая причина связанная с этой же паро-изоляцией, это не большой срок службы, если пергамин лежит у Вас более 8-10-и лет, то с ним могут возникнуть проблемы.

Далее, не правильная подготовка перед укладкой "пирога", балки не были обработаны антисептическими пропитками.

Следующая причина:

Не все почему-то задумываются над тем что один препарат эффективен в борьбе с плесенью, а другой, в этих же условиях, не сработает.

По этой причине вызывается сотрудник СЭС (Санэпидстанция) он делает соскоб, затем анализ в лаборатории и они же подбирают средство которое сработает именно в Вашем случае.

То есть просто то средство которым пользуетесь Вы не работает.

Вот это основные причина, а главное конечно вентиляция, но ситуацию лучше видеть.