Видимо вместо шпунтованной доски на пол улажена обрезная.
Но вначале нужно определится с причиной появления щелей.
Это может быть не только "усушка" доски, но и повышенная влажность древесины изначально.
Или же низкая влажность в помещении, или неправильный монтаж половой доски и.т.п.
Причину нужно устранить.
Также важно учитывать размеры зазоров (швов, как Вы пишите), и плюс, древесина материал подвижный, если и шпаклевать, то нужна высокоэластичная шпаклёвка по дереву.
Я покупал вот такую
"Оптимист" (это акриловая шпаклевка, также не плохая шпаклёвка "ВГТ" с такими же характеристиками) даже после полного высыхания она сохраняет эластичность.
Дальше, перед нанесением шпаклёвки, поверхность нужно очистить от пыли и грязи, и ещё такие шпаклевки работают эффективно, если размер зазоров незначительный.
Далее шпателем наносим шпаклевку в швы, даем время на просушку.
Если щели очень большие, то рекомендую повторный монтаж половой доски (с предварительным демонтажем).