Шпаклевать лучше цементной шпаклевкой, впрочем, как и любой фасад. Плоский шифер никак не ухудшает ситуацию, может, наоборот: только улучшает. Это связано с тем, что раствор, как на гипсовой, так и на цементной основе, очень хорошо ложатся на поверхность плоского шифера. Очень часто, шифер используют в качестве несъемной опалубки, при заливки фундаментов, но сейчас не об этом.
Перед шпаклеванием, убедитесь, что шифер закреплен надежно и под ним есть достаточно опорных балок или профилей(может, под шифером сплошняком лежит лист пенопласта - это вообще идеально). Дело в том, что его может раскачивать в вертикальной плоскости, а это может привести к образованию трещин на стыках и по середине листов.
По этой причине, советую использовать при заделке швов молярную сетку, а также, при шпаклевании листов использовать использовать рулонную молярную сетку, покрывая ею весь фасад здания. То что касается шпаклевок на цементной основе, то рекомендую проверенные кнауф мульти-финиш и штукатурки (по дисперсности как шпаклевки): грюнбанд и унтерпутц.
Вот молярные сетки для швов:
А вот для всей поверхности фасада сетка:
Это штукатурки для фасадов: очень мелкозернистые и дисперсные. Конченый слой будет идеально ровным и гладким. Если ровности и гладкости будет недостаточно, то используйте шпаклевку мульти-финиш.
Также, перед шпаклеванием, шифер можно пропитать грунтовкой, дабы избежать лишних частиц пыли и гидрофобных элементов, которые будут препятствовать работе.