Вариантов довольно много, можно выпавший сучок посадить на столярный клей и вбить на место.
Но чаще поступают иначе, есть в продаже специальные свёрла применяемые в для таких работ, сверло-Фортстнера по дереву.
Так же в продаже есть специальные пробки, в принципе пробки можно сделать и самостоятельно, лучше из той же древесины.
Очищаем место от куда выпал сучок.
Далее сверлом (см. выше, можно и обычным перьевым) делаем отверстие, но не на всю толщину древесины, диаметр отверстия чуть больше диаметра места от выпавшего сучка.
Очищаем и убираем пыль, подбираем пробку, она должна вбиваться плотно.
Затем стенки отверстия промазываем клеем по дереву и вбиваем пробку, но не заподлицо, а с остатком.
Даём время на полную просушку клея, срезаем пробку и далее шпаклёвка, просушка, шлифовка и.т.д, включая финишные слои (лак, краска, морилка).
Можно и просто отверстия от сучка зашпаклевать, если слой большой, то в несколько заходов наносится шпаклёвка (в несколько слоёв) с просушкой предыдущего.