То что нужно класть сухие балки вопрос уже не стоит. Вытаскивать их и переделывать слишком трудозатратно. Остаётся оставить всё как есть, так как балки по низу выровнены и пригодны к примеру под подшивной потолок, остаётся чем-то заполнить "зазоры". Для этого можно использовать как дерево или бетон, так и обыкновенную пену.
Перекрытие второго этажа, на балки как таковые нагрузки нет, разве только пол настелится.
Хорошо если балки в потае, а если насквозь, возможность утечки тепла, паров и прочего. Чем плотнее-тем лучше.
Если балки являются заодно и подстропильными, нагрузка приличная, пену лучше не использовать, или совместно с деревянными клиньями. Как советовал Исаев.
