Сразу же хочу отметить, без устранения причины появления пятен ржавчины не обойтись, то есть к примеру закрасить пятно (если обои под покраску) это не вариант, через некоторое время пятно появится вновь.
А причины следующие:
Возможно Вы не удалили метизы (гвозди, шурупы, саморезы) из поверхности перед наклеиванием обоев.
Довольно часто те же гвозди вбивают в стену заподлицо с поверхностью вместо того чтобы извлечь их, ржавеют головки саморезов и ржавчина проступает через обои.
Возможно это панельный дом, стены железобетонные, арматура близко к поверхности и она ржавеет.
То есть поверхность подготавливалась не качественно, арматура не обрабатывалась преобразователем ржавчины, не окрашивалась.
В итоге ржавчина проступила и через шпаклёвку и через обои, грунтование поверхности, шпаклёвание, всё это "влажные" работы, которые усугубили ситуацию.
Возможно это обои на потолке и Вас залили соседи сверху.
Ржавчина из-за арматуры которая есть в плите перекрытия.
Или же рядом с обоями проходят проблемные металлические трубы, на трубе свищ (или же подтёки ржавчины), труба ржавеет.
Из личного опыта могу добавить, в некоторых случаях причина появления ржавчины, штукатурные маяки, которые не извлекли из штукатурки.
Даже если это оцинкованные маяки, слой цинка (а он не большой) был повреждён правИлом и как итог вот такая картина
ржавчина вдоль маяков проступающая через обои.
Не доставать из штукатурки можно пластиковые маяки (есть и такие в продаже) с остальными могут быть проблемы.