Можно ли закрывать краны в туалете коробами из гипсокартона?

В начале нужно определиться о каких именно кранах идёт речь.

Чаще всего в туалете (не совмещённый Санузел) три крана, два на стояках (отводах) и один кран на подачу воды в бачок унитаза.

Краны на стояках (вертикальные трубы) обычно зашиваются коробом (вместе с трубами) из гипсокартона.

В районе кранов оставляется отверстие в которое устанавливается сантехническая дверца (лючок).

Размер лючка лучше подбирать такой чтобы через него можно было поменять краны без демонтажа короба.

В этом случае (наличие лючка) закрывать коробами краны можно, нельзя делать "глухой" короб без доступа к коренным (вводным) кранам.

Краны открываются не часто, но доступ к ним нужен в обязательном порядке.

Что касается крана для подводки воды к унитазу, то смотрите по месту как удобней.

У меня унитаз с нижней подводкой, поэтому я кран вывел снизу унитаза

Помимо вертикальных коробов из ГКЛ в туалете могут быть изготовлены и горизонтальные короба (ими закрывается канализационный лежак и трубы ГВС и ХВС внутренней разводки.

Можно и кран к унитазу закрыть этим коробом, то обычно кран выводится из короба.

Если решили закрыть, то и к крану унитаза нужен доступ, то есть устанавливаем в горизонтальный короб сантехническая дверь.

Если к унитазу (на подачу воды в бачок) установили шаровый кран с фильтром грубой очистки воды (это кран в виде готового изделия, а не кран и фильтр по отдельности), то лучше его коробом не закрывать.

Сеточки фильтра грубой очистки воды, требуют регулярной очистки.

Туалет относится к помещениям с повышенной влажностью, короба изготавливаются их ГКЛВ (влагостойкий гипсокартон).