В основании унитаза (в "подошве") обычно 2 отверстия под штатный крепёж, отверстия напротив друг друга.
Встречаются унитазы в основании которых 4 отверстия по 2 с каждой стороны.
Напольная плитка (это как правило) крупноформатная, то есть большого размера в сравнении с настенным кафелем.
Если отверстия и попадают в швы между плиток, то чаще всего с одной стороны "подошвы" унитаза.
Ситуацию можно было просчитать заранее то есть до укладки плитки на пол определиться в какую плитку, или плитки будет устанавливаться штатный крепёж и сверлиться отверстия.
Если не просчитали и унитаз крепится жёстко без гофры (сдвинуть в сторону без вариантов), то важно учитывать следующее:
Сверлить отверстия в швы можно, но заполнение плиточным клеем должно быть полным.
То есть под плиткой и особенно по краям кафеля не должно быть пустот.
Плиточный клей и фуга (затирка ля швов) должны высохнуть полностью, только после этого устанавливается унитаз, сверлятся отверстия в плитке.
Кафель сверлится специальными свёрлами по стеклу и кафелю (я сверлил копьевидными).
Перед сверлением плитка кернится (в районе будущих отверстий) иначе сверло уведёт в сторону на заходе.
Кернить можно дюбелем для монтажного пистолета.
Сама плитка сверлится без удара, а отверстия в полу (например на полу бетонная стяжка под плиткой) с ударом.
Отверстия в швах лучше сверлить в 2 захода, вначале сверлом меньшего диаметра, затем нужного.
Делаем вот таким образом
разметку через отверстия в основании унитаза.
Переключаем перфоратор в режим "сверление без удара".
Проходим кафель, далее меняем сверло для кафеля на бур с победитовой напайкой и досверливаем отверстие в основании, но уже с ударом.
Обороты на перфораторе (особенно при прохождении кафеля) выставляем средние.
В отверстия забиваем дюбеля.
Всё, вставляем унитаз (выпуск) в канализационную трубу (в раструб тройника) и фиксируем его к полу.
Если переживаете за надёжность крепления унитаза к полу, то дополнительно можно зафиксировать его герметиком, то есть используется комбинированный способ монтажа унитаза.
Я обычно использую силиконовый санитарный герметик.
В некоторых случаях унитаз можно установить не используя штатный крепёж вообще.
Например на плиточный клей на цементной основе, или на цементно-песчаный раствор, или на тот же герметики.
Проблема с отверстиями в швах между плиток снимается полностью.
Из предложенных вариантов советую остановиться на герметике, унитаз будет съёмным (в отличие от плиточного клея, или цементно-песчаного раствора).