Если у Вас поверхность уже подготовлена, то вставляете подоконник в расширения в стене, и задвигаете его под окно. Теперь необходимо заделать откосы по краям подоконника, они же будут и удерживать его. Это как говорится простой вариант. Конечно же его можно намазать предварительно клеем или герметиком, чтобы крепче держался.
А вот по хорошему если делать подоконник, то как раз таки под ним поверхность стены не нужно выравнивать, так как там будут размещаться каменные бруски, вентиляционные пазы, теплоизоляция и так далее. Как раз то, о чем вы говорите.
То есть сначала низ окна мы заделываем монтажной пеной. По высыхании срезаем лишнее. Теперь заклеиваем гидроизоляцией в виде полоски из фольги на клейкой основе (не путать со скотчем). Далее пропитываем и покрываем слоем антигрибкового состава. По высыхании на раствор укладываем бруски из искусственного камня, как кирпичную кладку. В промежутке между кладкой и окном укладываем минеральную вату, и полости заполняем специальной пеной. И вот теперь сверху все закрываем подоконником.
Но как правило в стандартных девятиэтажках достаточно просто закрепит подоконник в стене под окном, поэтому выбор способа установки зависит от дома и условий по влажности, что бы у Вас потом не запотевало стекло.