Предположу что у Вас меняли и канализационный стояк, иначе (замена только труб внутренней разводки) унитаз встал бы на своё место.
Причины следующие:
При замене стояка, тройник в раструб которого вставляется вертикальная труба (она же стояк), опустили ниже, или подняли выше, чем было раньше.
Старый унитаз, точней его выпуск, устанавливался через эксцентрик, или использовали гофру.
Канализационные трубы устанавливаются с уклоном, так как канализация самотечная.
При замене труб выдержали необходимый уклон, которого раньше не было, или наоборот, не сделали необходимый уклон.
В помещении (совмещенный Санузел, туалет) идет ремонт, демонтировали плитку на полу, или плитку и стяжку.
Возможно унитаз встал на тоже место, но отверстия под крепеж к полу не совпадают, выпуск унитаза зашел глубже (или наоборот недостаточно глубоко) в раструб тройника чем было ранее.


Это зависит от причины, если унитаз подключался к канализации через эксцентрик, или гофру, купите точно такой же эксцентрик (или гофру).
Если унитаз (его выпуск) ниже раструба тройника, то установите унитаз а тафту, или поднимите уровень пола стяжкой.
Перед заливки стяжки, убираем пыль, грунтуем поверхность с просушкой, устанавливаем маяки, далее заливаем стяжку, просушка.
Затем кладем на пол плитку, просушка и в конце устанавливается унитаз, отверстия под крепеж сверлим новые, естественно, сам крепеж, так же, скорей всего, придется купить новый.
Если унитаз выше раструба тройника, то попробуйте развернуть тройник, если не получается, то купите эксцентрик, эксцентриком можно "отыграть" несколько сантиметров.
Если несовпадение более значительное, то нужна гофра, но в этом случае унитаз придется отодвинуть дальше от тройника (ближе к двери в туалете).
Вот так выглядит гофра
хотя лично я рекомендую использовать жесткое подключение.
Одна сторона гофры вставляется в раструб тройника, другая "натягивается" (очень плотно) на выпуск унитаза.
Из личного опыта рекомендую гофру"сажать" на силиконовый герметик, герметик выступает и в качестве смазки (проще гору надвинуть на выпуск унитаза) и как дополнительная герметизация этого узла.
Вначале примерьте гофру, только после этого крепление унитаза к полу.
Если не совпадают отверстия под дюбеля, то их нужно пересверлить.
Примеряем унитаз, вставляем выпуск в раструб тройника.
Через отверстия (чаще их 2, но может быть и 4) в основании унитаза делаем разметку, керним.
Сверлим отверстия, забиваем дюбеля.
Устанавливаем унитаз на место и закручиваем крепеж в дюбеля через отверстия в "подошве" унитаза.