Если проект составлен по всем правилам архитектурной технологии, то проблем возникнуть не должно. Но вам нужно показать ваш проект в архитектурном бюро города, и вам его должны заверить, поставить какие-то резолюции. Затем идём в БТИ и регистрируем уже готовое строение.
Всё зависит от того, где именно построен дом. Если в деревне, это одно и сложностей с законом не будет. А вот если это город, тогда самовольно строить не стоит, можно и нажить кучу неприятностей, если учесть, что с 2013 года законы стали намного строже.
Думаю, что стоит проконсультироваться у юриста и действовать наверняка, а не доказывать потом через суд, что ваш проект не нарушает нормы и спроектирован правильно.