Сложно понять что именно Вас беспокоит.
Повышенная влажность? Тут уже всё от обоев зависит, вряд ли у Вас (Вы пишите о хорошем ремонте) дешёвые бумажные обои которые боятся влаги, остальным такая влажность не страшна, ведь клей под обоями полностью высох, обои моющиеся, то есть влага им не страшна.
Если переживаете за целостность обои внизу, то скорей всего у Вас обои "навёрнуты" на плинтус, плинтус при работе с полами убирается.
Стяжка поднимется, новый плинтус перекроет тот "подрез" который Вы сделаете при демонтаже плинтусов.
Можно купить более широкий плинтус.
При заливки полов между стеной и полом будет находиться "наворот" гидроизоляции и этот припуск сохранит обои.
По периметру помещения монтирует ся демпферная лента
между стеной и полом и это своего рода защита обоев.
Можно внизу защитить обои чем угодно, целлофан и строительный скотч, газеты и так далее, в общем вообще не проблема.
Можете хоть все стены закрыть плёнкой с креплением на потолке через скотч.
А дальше всё от Ваших работников, или от Вас зависит, работать надо аккуратно и постоянно думать о том что обои надо сохранить.
Я в своей практики и двери менял и трубы (включая канализацию, очень грязная работа) и кафель клал при капитальном ремонте в остальных помещениях, которые непосредственно соприкасались с моим, ни чего в этом страшного, брал определённую сумму за дополнительные работы.
Ваша ситуация довольно распространённая, почему-то люди очень часто "надевают брюки через голову", то есть нет элементарного соблюдения последовательности при ремонте.