Можно конечно, тем более Вы пишите о пластиковом подоконнике.
Конструкцию окна в этом случае можно нарушить лишь специально нацелившись на это.
ПВХ подоконник "сажается" на монтажную пену.
В паз под оконным профилем он заводится на не большую глубину, до 20-и мм.
Проблемы могут быть лишь с откосами, да и то если они заштукатурены.
Далее на площадку устанавливают клинья
и запенивают подоконник снизу.
Это я Вам описываю процесс установки, так легче понять как его демонтировать без повреждения самого окна.
Щели герметизируются.
Подрезать даже старую пену и старый герметик это вообще не проблема.
Вопрос откосов решается по ходу, то есть ту штробу что возможно мы сделаем, можно подштукатурить не переделывая весь откос в целом.
А конструкция окна тут вообще никак не страдает.
Разве что придётся сбивать площадку на которую будете устанавливать новый подоконник (я имею в виду стяжку (штукатурку) на ней, ибо толщина нового подоконника может быть больше толщина подоконника ПВХ, но и это не проблема.