В общем-то основная причина, тем более Вы пишите что ремонт шёл длительное время, это засоры, накипь, ржавчина, просто грязь из-за грязного теплоносителя и так далее.
Скорей всего проблема в датчике протока (проблема та же, датчик протока не работает из-за засоров, накипи, грязи).
Датчик протока (если чуть проще) это вентилятор который крутится при проходе через него воды, вырабатывается ток и подаётся сигнал на электронику котла, которая в свою очередь зажигает газ который и нагревает воду.
Более того, поломка этого датчика может никак не отражаться на индикаторе, то есть ошибки не видно.
Вода через датчик идёт, но "лопасти вентилятора" не крутятся.
Вам надо чистить этот датчик.
Чаще всего не возможно устранить проблему не снимая датчик протока, поэтому советую сразу же это сделать, датчик снять и прочистить.
Выглядеть он (датчик протока) может вот так,
а ещё лучше заглянуть в паспорт котла.