Всё зависит от толщины вашего подоконника, потому что большие плитки вам нужно будет много резать, подгоняя под высоту и размер подоконника. Но по моему опыту лучше использовать плитку поменьше, это выглядит более гармонично и красиво. С ней легче работать, она более гибкая, можно укладывать на полукруглых поверхностях(может у вас не прямые углы в подоконнике), резать легче. Большие плитки в основном использую не для внутренних подоконников, а для внешних. В основном плиткой подоконник обкладывают если вся столешница кухни тоже из плитки.
Если сама столешница Вашей кухни не из плитки, а термостойкая плита - можете и подоконник сделать из этой плиты, вот так -