Деревянный подоконник находится внутри помещений, поэтому можно использовать краску для внутренних работ, по дереву.
По составу это могут быть масляные краски, акриловые, алкидные и.т.п, главное по дереву.
Если подоконник красить правильно, то после грамотной подготовки (это целый ряд мероприятий и шпаклёвка и грунтовка, шлифовка, если древесина выделяет смолу, убираем её и.т.п), то лучше не использовать ни кисти, ни валики.
И валик и кисть оставить "разводы" на поддоннике, лучше наливной метод, или распылитель, отсюда и отталкиваемся при выборе краски, она должна быть не густой консистенции.
Так как на подоконнике могут стоять некие растения в горшках, да и сам подоконник часто моется (то есть влага), может быть и конденсат от окон на подоконнике, краску лучше брать влагостойкую моющуюся.
Ну и плюс конечно экологичность краски должна быть на уровне.
Вот такая акриловая краска по дереву "RENOTON".
Это паропроницаемая краска, древесина будет "дышать" под ней.