Конечно надо видеть отверстие, знать его размеры. Так же важно знать о какой плите идёт речь.
Заделка отверстий (дыр) это комплекс работ, начиная от обеспыливания, грунтовки с просушкой, заканчивая армированием.
Что касается чем, то вариантов масса, можно плиточным клеем (на основе цемента), можно гипсовой штукатуркой, можно цемент плюс песок, плюс мелкий щебень (это бетон), можно просто цементно-песчаным раствором.
Есть специальные ремонтные смеси,
но надо знать размеры отверстия, слишком глубокие и объёмные такими смесями не заливаются.
Если отверстие сквозное и находится на потолке, то в комплекс работ входит обустройство опалубки перед заливкой.
Снизу крепим к примеру фанеру, фанера больше диаметра отверстия, саму фанеру распираем с полом (нужна подпорка, это могут быть профиля, бруски, доски и так далее).
Перед опалубкой, снизу очищаем отверстие кисточкой, далее набрызг как можно глубже грунтовки, армирование.
Сверху так же грунтовка, арматура, после заливаем раствор, к примеру бетон (это если отверстие большое в диаметре).
Далее ждём пару суток, убираем подпорки, шлифуем заподлицо с плитой, далее грунтовка, шпаклёвка в ноль.
Можно даже монтажной пеной задуть отверстие, затем штукатурка, ил шпаклёвка, пена подрезается чуть глубже чем заподлицо.
Но задувать получится не все отверстия, поэтому и пытался уточнить размеры отверстия.
Возможно есть смысл заливать отверстие сверху, возможно снизу в несколько слоёв через набрызг.
В общем надо больше информации.