Довольно не просто понять о чём Вы спрашиваете.
Стыки где, какие? Между стеной и вагонкой, или между вагонкой и вагонкой?
Между стеной и вагонкой оставляют расстояние примерно миллиметров 10-ь (+- 2-3), дерево "дышит", то есть расширяется и проседает, для этой цели , зазор.
Эта щель (зазор) на потолке закрывается багетом, а на полу плинтусом.
Крепление вагонки между собой осуществляется по методу шип-паз, ну или "папа", "мама" , если так будет понятней.
То есть одна вагонка входит в другую.


Евровагонка (деревянная , о которой Вы пишите), разделяется по классу, высший класс, это вагонка класса "Экстра", она идеальна, нет ни сучков, ни неровностей, то есть все стыки будут абсолютно ровными.


Затирок, как и самой цели не существует, есть шпаклёвка по дереву, можно конечно из вагонки сделать деревянную панель, будет смотреться как панель из массива дерева, гладкая, ровная поверхность.
Но тогда какой смысл вообще в вагонке, вагонка имеет свой "шарм", свою красоту, как раз по причине того что на финише чётко видно как одна доска отделена, от другой.
В этом вся красота и вообще смысл вагонки.