Чем можно покрыть шифер от протекания?

Можно покрыть (если речь об асбестоцементном шифере) гидрофобизатором.

Вот не плохой "Праймер ЕС 17".

Специально разрабатывался для защиты от влаги, бетона, кирпича, шифера (опять же асбоцементного, если у Вас битумный шифер, или ПВХ, то этот гидрофобизатор не подойдёт).

После нанесения и полной просушки на поверхности шифера создаётся влаго-отталкивающее покрытие.

Шифер меньше будет впитывать влагу, а так же на его поверхности меньше будет пыли и грязи, предотвращает появление грибка и плесени.

Можно покрасить шифер, краска фасадная (или специальная для шифера), тоже своего рода "гидроизоляция".

А вообще (если речь о кровле, а не заборе к примеру, из плоского шифера) асбестоцементный шифер, это кровельный материал (финишный) он не нуждается в дополнительной гидроизоляции, это всё лишнее.

Шифер крепится к обрешётке специальными шиферными гвоздями с прокладками.

Под шифером гидроизоляция (как правило рубероид).

Укладывается шифер с нахлёстом как по вертикали, так и в горизонте (боковой нахлёст).

При правильном монтаже кровля не протекает.