Тут причин всего две, это не качественная водоэмульсионная краска и Вы взяли не ту водоэмульсионную краску.
Есть в продаже вот такая водоэмульсионная краска для потолков.
Отличается от краски для стен, тем что в составе меньше связующих и она подвержена истиранию, то есть пачкается.
Второе название такой водоэмульсионной краски, это "жидкая побелка" что полностью характеризует её.
Краска для потолков и для стен иная по составу, она более износоустойчивая и соответственно не пачкается после высыхания.
Есть и влагостойкая и фасадная водоэмульсионные краски, они тоже не пачкаются.
Насчёт покрытия краски, это вариант так себе, обычно достаточно выбрать "правильную" (для конкретной работы) водоэмульсионную краску и всё на этом, а чем-то покрывать сверху плохой вариант.
Ну разве что покрасить ещё одним слоем, но нормальной краской.
Можно попробовать сверху краски лак на водной основе, стена пачкаться после этого, точно не будет.
Вот например такой лак "Dulux",
работает с любыми водоэмульсионными красками.
Защита водоэмульсионных красок, это его специализация.