Если Вы желаете, чтобы её не было видно, то, желательно, такую же как и массив дерева, из которого изготовлен пол.
Можно утопить гвозди, заделать трещины и щели...
Обычно, это шпатлёвка "под сосну", в маленьких банках.
Я брал именно в маленьких, что бы не засохла и не было излишек.
Если у Вас пол из других пород древесины, то и для них есть своя шпатлёвка (цена одинакова).