Тут важно учитывать на какой стадии ремонта помещения Вы находитесь.
К примеру речь идёт о совмещённом Санузле, Вы меняете все трубы включая и стояки и трубы внутренней разводки.
Дом многоквартирный, стояками пользуются и соседи.
Меняем стояки, на трубы ГВС и ХВС устанавливаются коренные краны, тройник от стояка канализации глушится заглушкой.
Нет труб внутренней разводки.
Воду для замешивания штукатурного раствора можно брать со шланга прикрученного к коренному крану на стояке.
Можно грунтовать стены, далее выставлять маяки и штукатурить.
Перед монтажом гипсокартона вот таким образом
к стене крепятся профиля, или бруски (деревянные) удобней крепить профиль к ровным заштукатуренным стенам, чем к кривым.
Поэтому в этом случае лучше в начале штукатурка, затем короба.
Если трубы не меняются, сделана внутренняя разводка, установлены водосчётчики и стены не сильно завалены, то последовательность можно изменить.
В начале (по уровню) установить профиля, затем зашить гипсокартоном и только после этого заниматься штукатуркой стен.
Гораздо проще и удобней штукатурить стены если трубы уже закрыты коробами, трубы не мешают выставлять маяки, на трубы не падает штукатурка и.т.п.
Вывод:
Решение лучше принимать по месту, короба можно сделать как до штукатурки, так и после, но если в Вашем случае нет никакой разницы в последовательности, то в начале делаются "мокрые" работы (штукатурка) а затем трубы закрываются коробами.
На финише подготовительных работ, заштукатуренные стены и ГКЛ на коробах, шпаклюются.