Краски, по составу разные, поэтому лучше в начале протестировать герметик на менее заметном участке.
То есть определиться как поведёт себя герметик при контакте с краской.
Далее, важно учитывать какая сцепляемость (адгезия) не только герметика с краской, но и краски с поверхностью.
Если краска "набухла" отслаивается от поверхности, то силиконовый герметик на краске держаться на будет, он отойдёт вместе с краской.
Если нет отслоения краски, то в принципе можно наносить силиконовый герметик поверх краски, но нужна предварительная подготовка поверхности.
Поверхность должна быть сухой и чистой (краска высохшая), а так же в обязательном порядке обезжиренной.
Из личного опыта могу добавить, приклеивал багеты (потолочные плинтуса) к окрашенному потолку и окрашенным стенам (была нарушена последовательность выполняемых работ) силиконовым герметиком (белым).
Помимо обеспыливания и обезжиривания поверхности зашкуривал её наждачной бумагой с мелким зерном.
То есть из гладкой окрашенной поверхности делал шероховатую, улучшая адгезию герметика с краской.
Если речь о ванной комнате (заделка щелей между стеной и ванной, например) и окрашенных стенах, то подготовка та же, но герметик лучше покупать санитарный (силиконовый).
Вот не плохой герметик
"Макрофлекс", под него нужен "пистолет".
В составе санитарного силиконового герметика есть специальные фунгицидные добавки, которые предотвращают появления грибка и плесени (это важно для помещений с повышенной влажностью).