Технически это сделать можно, то есть нанести несколько ударов молотком по шляпке самореза и добить его (саморез) заподлицо с поверхностью.
Главное бить по шляпке самореза без промаха, иначе оставите вмятину в древесине, которую придётся шпаклевать.
Но я бы не советовал этого делать.
У самореза по дереву, вот эти грани
резьбы (внешней) острые, при закручивании в древесину, он нарезает внутреннюю резьбу, в материале.
Отсюда и название метизов "саморезы".
За счёт той самой резьбы он держится в древесине.
Если Вы его добьёте молотком, то резьба просто "слижется" (сорвётся) и такое крепление будет крайне ненадёжным, тьем более если нужно закрепить между собой несколько досок.
Что делать зависит от ситуации:
Можно заменить саморез гвоздём и забить гвоздь молотком, с обратной стороны загнуть его (если нужно пробить доску насквозь.
Если закручиваете саморез отвёрткой (как правило, это фигурные отвёртки), то докрутить его можно шуруповёртом.
К шуруповёрту нужны биты, усилие закручивания шуруповёртом гораздо больше чем при закручивании в ручном режиме, отвёрткой.
Биту подбирайте с таким учётом что бы не "слизать" шлицы на головке самореза.
Если нет шуруповёрта, то нужна дрель, или хотя бы коловорот и сверло.
Вначале выкручиваем проблемный саморез (если "слизаны" шлицы на шляпке самореза, то выкручиваем его пассатижами, если со шлицами всё в порядке, то переключаем шуруповёрт в режим "реверс" (патрон крутится против часовой стрелки).
Далее сверлим отверстие в древесине дрелью (или же шуруповёртом если в нём есть режим дрели).
Если нет сверла по дереву (лучше спиральное) то отверстие можно просверлить и новым (или хорошо заточенным) сверлом по металлу.
Это особенно актуально, если древесина плотная (дуб, к примеру), закрутить саморез напрямую в такой материал крайне сложно (без шуруповёрта и без предварительно просверленного отверстия).
Диаметр сверла должен быть чуть меньше диаметра стержня самореза.
Всё, закручиваем в подготовленное отверстие саморез, можно даже отвёрткой и от руки.