Видимых "дыр" как Вы пишите, может и не быть, есть микротрещины которые не видно "невооруженным глазом", сталкивался с этим (купил дешевые ботинки), микротрещины были на подошве из-за них обувь протекала.
В первую очередь нужно соотнести стоимость ремонта и стоимость новой обуви, в моем случае полная замена подошвы была ненамного дешевле новой обуви.
Если обувь нужно просто защитить от намокания, то можно купить вот такую
водоотталкивающую пропитку, далее нанести её на поверхность обуви и уделите внимание швам.
Форма выпуска таких пропиток разная, я предпочитаю спрей (см. выше) или специальный крем для обуви в составе которого, есть водоотталкивающие пропитки.
Если остановитесь на спрее, то вначале встряхните баллон и затем распылите,содержимое на на поверхность с расстояния 20-25 см.
Но перед этим обувь нужно тщательно вымыть и высушить.
Обувь может растрескиваться (особенно кожаная) из-за неправильной сушки, не нужно сушить её на радиаторах отопления.
И ещё, водоотталкивающие пропитки разные, учитывайте материал изготовления как верха обуви, так и подошвы.
После того как обработали обувь водоотталкивающей пропиткой, не нужно, в ней, сразу выходит на улицу, должно пройти 8 - 10 часов.
И не нужно использовать разные пропитки от разных производителей на одной обуви.
Возможно купили обувь очень низкого качества, или это заводской брак, пропитки не помогут.
Если протекает подошва, но нет критических повреждений, то можно её тщательно вымыть, затем хорошо просушить и нанести на поверхность тонкий и равномерный слой герметика, герметик надежно "запечатет" повреждения, но процедуру придется повторять время от времени.
Вместо герметика можно использовать и резиновый клей и даже эпоксидку (двухкомпонентный состав), но нужно учитывать материал изготовления подошвы обуви (важный момент).
И клей и герметик должны полностью высохнуть, перед тем как выходить в этой обуви на улицу.
В случае с клеем должно пройти 24 часа и даже более, а сам клей (это помимо прочего) ещё и влагостойкий.
Водоотталкивающие пропитки можно изготовить и самостоятельно, это может быть пропитка на основе парафина, или масла, жира и.т.п.