Из личного опыта сразу же отмечу, в некоторых случаях "борьба" с этой проблемой может не привести к желаемому результату, просто выбрали неудачное место для колодца. проще. да и правильней выкопать колодец в другом месте.
Скорей всего речь идет о почве стоящей из глины, мелкого песка и все это насыщено (смешано) водой. то есть о плывуне.
Можно использовать донный фильтр, и тем более он нужен если колодец на сложном грунте.
Донный фильтр, разный, например может состоять из пека крупной фракции и камней, или гравийный фильтр (используется гравий разной фракции).
Ещё вариант установка ремонтных колец, например вот таких
пластиковых, возможно нарушена герметичность между кольцами в Вашем колодце, например из-за смещения колец, или в следствии длительной эксплуатации.
Такие ремонтные кольца устанавливаются если (это один из примеров) если в колодце появляется мутная вода с глиной, возможно этот осадок и давит с самого низа, уменьшая полезную площадь колодца.