Любая борьба с плесенью, просто бессмысленна, если не устранить причины её появления.
В теплицах плесень образуется (появляется) по следующим причинам:
Очень высокая влажность + плохая вентиляция.
Плохой, не своевременный, не постоянный уход за теплицей (теплицу надо мыть, красить и так далее, то есть ухаживать за ней).
Не правильный полив, влага застаивается, важно помнить что земля находится в закрытом пространстве, она само не восстанавливается.
Не правильно построенная теплица, не достаточное освещение в купе с плохой вентиляцией и повышенной влажностью, всё это приводит к росту и размножению плесени.
В общем-то определитесь какая проблема у Вас и устраните её, это есть метод борьбы с плесенью.
Из общего по борьбе с плесенью:
После уборки урожая (осенью) не оставляйте в земле гниющую растительность.
Можно в целях профилактике (это лучше делать два раза в год) использовать вот такую серную (дымовую) шашку.
Во время выращивания рассады (это к примеру) постоянно следите за температурой и влажностью.
Не увлекайтесь поливом (поливать надо, но без фанатизма, земля не возьмёт больше чем может, то есть не впитает много влаги, а это повышенная влажность и плесень на финише).