Перед укладкой бетонного пола нужно деревянные лаги гидроизолировать, для этого можно использовать полиэтиленовую пленку, толщиной 100-150мкм.
Современные сухие смеси позволяют устраивать пол по не стабильным, деформирующимся основаниям любой толщины. Например такие смеси как "Томзит" или "Узин" содержат стекловолокно и подходят для такого вида работ с толщиной слоя от 1-2мм.
Способ укладки пола ничем не отличается от классического варианта: по периметру ванной комнаты укладываете демпферную ленту, высотой больше толщины стяжки, устанавливаете маячки и заливаете пол (желательно за один раз - без перерывов в работе).
Можно также на лаги уложить плоский шифер вместо стяжки.
Плитку на такие основания нужно укладывать на специальные клея. Больше всего для не стабильных оснований подходит двухкомпонентный эпоксидный клей для плитки, к примеру ARDEX WA (Германия).