В общем-то можно, но тут не всё так просто.
Вы же не видите обрешётку на которой "сидит" рубероид, при монтаже ондулина можно "понаделать" совершенно не нужные отверстия, а рубероид это гидроизоляция и лишние "дырки" там не к чему.
Правильно это сделать контр-обрешётку по старому рубероиду, тут сразу решаем две задачи.
Между ондулином и рубероидом будет воздушный зазор, то если влага будет спокойно стекать по рубероиду.
И второе Вы будете чётко видеть куда крепить ондулин.
Контр-обрешётка поперёк стропил.
Как всё делать с технической точки зрения, смотрите уже по мету и по ондулину и по рубероиду лучше лишний раз не ходить.
Так же важно всё ещё раз продумать в плане пожарной безопасности и ондулин и рубероид, это битум, горят очень быстро, такое соседство может быть проблемой.
Да и срок службы и рубероида ниже срока службы ондулина, если рубероид положен давно, то он придёт в негодность гораздо раньше ондулина и это проблема.