Водостоки редко используют в теплицах из поликарбоната, ибо конструкция теплицы выглядит вот так,
полукруглое строение, стены плавно переходят в кровлю, нет никаких карнизов и карнизных планок на которую крепится водосток (кронштейны под желоба).
Но если у Вас иная конструкция, то как вариант, можно сделать следующее:
Вместо карнизной деревянной планки используем профиль, профиль крепится к каркасу теплицы, каркас может быть как металлическим, так и деревянным, смотрите уже по месту.
Крепление через поликарбонат.
Крепление профиля не должно нарушить герметичность в этом месте, используем саморезы для поликарбоната с прокладками.
Профиль крепим под углом, угол уклона (ориентировочная цифра) примерно 5-ь мм на метр длины.
К профилю крепим кронштейны, шаг между кронштейнами 500-т мм (хотя смотрите по материалу изготовления водосточной системы, советую пластиковую).
Всё, на кронштейны монтируются желоба водосточной системы.
Точно так же (профиль, кронштейны) осуществляется монтаж (крепление) вертикальных труб водостока.