Многое зависит от диаметра тех самых дырок (отверстий) от их количества на одном листе, иногда целесообразней заменить лист шифера полностью, чем латать его.
Вариантов заделывания отверстий множество:
Можно приобрести вот такую бутил-каучуковую ленту,
ширина, толщина, длина ленты разная.
Очищаем шифер от загрязнений (механическим путём) обезжириваем ремонтируемое место, просушка.
Отрезаем ленту по нужному размеру заплатки (с запасом по краям, то есть лента больше отверстия).
На ленте уже есть клеевой слой, сверху защитная плёнка, снимаем плёнку и прижимаем ленту к шиферу, для надёжности можно прокатать валиком, выгоняя воздух из под ленты.
Плюс этого метода, шифер можно окрашивать прямо по ленте, ну и конечно надёжная герметизация отверстий.
Дырки можно заделать и обычной цементно-песчаной смесью песок + цемент 1:2.
Но я бы посоветовал плиточный клей для наружных работ.
Подготовка та же, вместо обезжиривания грунтовка с просушкой и далее заделка отверстий при помощи шпателей, клей густой.
Поставить заплатку можно и из куска самого шифера, можно стеклоткань + эпоксидная смола.
Можно просто отверстия залить битумной мастикой.
Все эти варианты подходят для асбестоцементного шифера, если имелся в виду иной шифер, там свои варианты заделывания отверстий, к примеру в битумном шифере (ондулин) заделку отверстий можно выполнить при помощи битумных кровельных герметиков, или заплатки из куска ондулина, крепление на битумную мастику.