Та самая дыра о которой Вы спрашиваете не сквозная, но её глубина может быть разной.
Раньше унитазы устанавливали на тафту, тафта это подкладка, чаще из древесины твёрдых пород, но иногда использовали мебельные щиты, МДФ и даже фанеру с ДСП.
Если Вы новый унитаз не будете устанавливать на доски, то есть тафта не нужна и тем более она не нужна, если доски сгнили, то можно сделать следующее:
Убираем доски и очищаем отверстие от пыли и грязи, грунтуем с просушкой.
Далее лучше использовать бетон, а не цементно-песчаный раствор (хотя можно и его, если глубина дыры не большая) и тем более бетон лучше если эта самая яма (дыра)
глубокая.
Бетон, это цемент + песок + щебень, я вместо щебня использовал отсев, отсев можно заменить песком крупной зернистости.
Далее заполняем яму не большим слоем бетона (если нужно чтобы бетон быстрей застыл, то в продаже есть специальные ускорители схватываемости бетонов).
Бетон лучше усилить арматурой (или же добавить фибру в него), просто отрежьте куски арматуры по размеру отверстия и уложите арматуру "сеткой".
Далее сверху арматуры заливаем основной слой бетона и шпателем выводим поверхность заподлицо с основным полом.
Всё, унитаз устанавливается на финишное половое покрытие, а не наоборот, в туалетах это чаще всего кафель.
Примерно через 3-4 дня можете облицевать полы плиткой и после просушки плиточного клея уже устанавливается унитаз на плитку.
Вместо бетона, или цементно-песчаного раствора можно использовать специальные ремонтные смеси, при покупке учитывайте глубину дыры.