Причин такого поведения кафеля несколько:
Не сплошной клеевой слой под плиткой.
То есть укладывали кафель не под гребёнку, клей наносили на плитку точечно, есть пустоты.
Нагрузка на плитку значительная и в районе тех самых пустот она пошла трещинами.
Некачественная плитка.
Возможно не правильно сверлили плитку, плитка сверлится без удара, можно сверлить не только свёрлами по стеклу и керамики, но и вот такими
свёрлами с победитовой напайкой.
Если точней, это бур для перфоратора, а не сверло.
Я обычно ими и сверлю, так удобней, 1 сверлом проходим кафель и им же делаем отверстие в плите перекрытия, тут уже сверление с ударом.
Но сверлить кафель надо не на больших оборотах и + сверло периодически охлаждается.
Иначе поверхность будет "гореть", что может привести в начале к микротрещинам в плитке, а дальше уже к видимом растрескиванию кафеля.
Возможно не правильно сверлили.
Прошли кафель, переключили на сверление с ударом.
Сверло и перфоратор держали не под прямым углом к кафелю, вибрация передалась на плитку и далее уже трещина.


Тут в общем-то выход один, менять плитку.
Перекрываем кран подачи воды к бачку унитаза, сливаем его (бачок).
Откручиваем шланг гибкой подводки.
Откручиваем пару болтов крепления унитаза к полу.
Убираем унитаз.
Разбиваем треснувшую плитку, достаём осколки.
Очищаем поверхность под плиткой от плиточного клея.
Убираем пыль, грунтуем с просушкой.
Укладываем новую плитку, заполнение полное, или под гребёнку, если пол ровный.
Просушка, затирка швов.
На финише установка унитаза в обратной последовательности.
То есть заново размечаем плитку, сверлим отверстия и устанавливаем унитаз.