Из общего:
Дети примерно с 3-х, 4-х лет начинают осознавать свою половую принадлежность и интересоваться противоположным полом.
По этой причине зонировать помещение всё же необходимо.
Зонировать можно стеллажами (шкаф-стеллаж)
на которых, к примеру и общие игрушки и книжки.
Можно свето-прозрачными перегородками (с матовыми стёклами, к примеру, стекло триплекс, дети его не разобьют.
Мальчику оставить "проходную" часть комнаты, девочки дальнюю, им надо действительно отдельный уголок, через "зону" мальчика можно перемещаться (к примеру родителям) мальчиков это не напрягает.
С точки зрения строительства:
Полы, стены, окна, двери из натуральных материалов.
Окна со стеклопакетов (деревянные), на пол можно постелить пробку, это тепло и покрытие мягкое, плюс экономичность.
Стены можно под покраску (после выравнивания шпаклёвкой) цвет отдельных "зон" можно разнообразить, у девочки все оттенки розового, у мальчика голубого.
Если помещение позволяет, можно сделать общую "зону" со столом и парой стульев, плюс место на полу для общих игр.
Потолки лучше не натяжные, можно навесные, или шпаклёвка и покраска.
Не забывайте об освещении, тут уже надо знать чёткое расположение (конфигурацию) помещения, возможно ли окно оставить общим.
Уделите внимание искусственному освещению, включая точечное (над столом. над кроватью.
Вот это общее что надо учитывать, всё остальное индивидуально и объект надо видеть, иначе никак.